У фондзе Фундаментальнай бібліятэкі знаходзіцца каля 2 млн. тамоў айчынных і замежных дакументаў на многіх мовах свету па вядучых галінах навукі і тэхнікі.

Фонд ФБ БДУ мае наступную структуру:

• асноўны фонд - фонд аддзела кіравання бібліятэчным фондам, у які паступае першы асобнік кожнага дакумента, незалежна ад крыніцы паступлення і фонд рэдкіх і каштоўных выданняў;
• дапаможны фонд - фонд наступных фондатрымальнікаў ФБ БДУ:
• аддзела інфармацыйнага абслугоўвання вучэбнага працэсу;
• аддзела інфармацыйнага абслугоўвання навуковых даследаванняў;
• аддзела абслугоўвання юрыдычнага факультэта;
• аддзела абслугоўвання хімічнага факультэта;
• аддзела абслугоўвання філалагічнага і эканамічнага факультэтаў;
• аддзела абслугоўвання факультэтаў радыёфізікі і камп'ютэрных тэхналогій, біялагічнага і сацыякультурных камунікацый;
• аддзела абслугоўвання факультэта міжнародных адносін;
• аддзела абслугоўвання факультэтаў журналістыкі і філасофіі і сацыяльных навук;
• аддзела гуманітарна-асветніцкай работы і папулярызацыі кніжных помнікаў;
• навукова-метадычнага аддзела;
• аддзела камплектавання інфармацыйных рэсурсаў;
• аддзела каталагізацыі інфармацыйных рэсурсаў і суправаджэння даведачна-пошукавага апарата;
• дырэкцыі;
• бібліятэк кабінетаў і кафедраў БДУ;
• дэпазітарны фонд ААН і МВФ - частка фонду, якая ўключае выданні і публікацыі Арганізацыі Аб'яднаных Нацый і Міжнароднага валютнага фонду;
• дэпазітарны фонд сігнальных асобнікаў дэпанаваных дакументаў, прынятых на дэпанаванне ў БДУ - закрыты фонд ФБ БДУ, лакалізаваны ў асобным сховішчы з пэўным рэжымам захоўвання і доступу;
• фонд тэхнічных нарматыўных прававых актаў - фонд міждзяржаўных і дзяржаўных стандартаў па інфармацыі, бібліятэчнай і выдавецкай справе; дзяржаўных стандартаў, ідэнтычных міжнародным стандартам у галіне менеджменту якасці;
• Электронная бібліятэка БДУ - комплексная інфармацыйная сістэма збору і захоўвання розных тыпаў і відаў дакументаў, прадстаўленых у электроннай форме, якая забяспечвае пры аднаразовым ўводзе рэсурсу ў сістэму магчымасць шматаспектнай апрацоўкі і шматразовае выкарыстанне інфармацыі для задавальнення інфармацыйных патрэбаў карыстальнікаў;
• абменна-рэзервовы фонд - дапаможная частка фонду, прызначаная для замены ў дзеючым фондзе дакументаў, згубленых па якіх-небудзь прычынах або наяўных у недастатковай экземплярнасці, а таксама для вядзення дакументаабмену з іншымі бібліятэкамі.